Mateřská škola Lipník nad Bečvou je samostatným právním subjektem – příspěvkovou organizací Města Lipník nad Bečvou od 1.1.2003 . Vznikla sloučením 3. mateřských škol: jednotřídní MŠ Souhradní, dvoutřídní MŠ Zahradní a trojtřídní MŠ Na Zelince. Od 1.7.2003 byla pro nedostatek dětí jednotřídní MŠ zrušena a taktéž vývařovny, strava se začala dovážet ze školní jídelny Základní školy Osecká.
Ředitelství Mateřské školy je na Mateřské škole Na Zelince. Tato budova se nachází v klidné západní části města vedle městského parku, stadionu a koupaliště.
Ve školním roce 2008/09 prošla rozsáhlou rekonstrukcí.
Město získalo 3 mil. z fondů EU na výměnu oken a uteplení střechy a fasády. Dodalo dalších 7 mil. na vnitřní úpravy. Zrušením školní jídelny zůstalo v budově mnoho nevyužitých místností z kterých se propojením vytvořila nová třída a místnost na přípravu stravy. Byla provedena výměna podlahové krytiny, záchodů a umyvadel , radiátorů a celková rekonstrukce elektroinstalace.
Celková kapacita zařízení vzrostla z počtu 75 na 109 míst.
Učitelky upravily interiér vytvořením hracích koutků a vyzdobily třídy vhodně k věku dětí.
V patrové budově jsou 4 třídy : 3 třídy s maximální kapacitou 28 dětí, 1 nově vzniklá třída pro 25 dětí. Rozsáhlá školní zahrada byla v srpnu 2021 vybavena novými hracími prvky. Od roku 2015 z důvodu přihlašování dětí mladších 3 let byla v Mateřské škole Na Zelince provedena reorganizace a třídy věkově smíšené byly rozděleny podle věku dětí. 1. třída je určena pro děti od 2,5 – 3 let, v které je upraven režim a výchovně vzdělávací cíle naplňující specificky vzdělávací potřeby dětí, 2. třída je tvořena dětmi předškolního věku, kdy se děti připravují na vstup do základní školy. Zbylé 2 třídy tvoří děti ve věku 3-5 let.
Odloučené pracoviště-Mateřská škola Zahradní 1300 se nachází na městském sídlišti vedle centra města. Je to patrová budova se dvěma třídami v patře nad sebou s maximální kapacitou 56 dětí ve věku 3 – 6 let. V přízemní připojené budově se nachází provozní část na přípravu dovářené stravy a byla zde vybudována malá prádelna pro praní prádla. V roce 2010 bylo provedeno zateplení budovy a výměna oken s využitím financí s dotačního program EU.
Postupně byla provedena výměna vodovodních rozvodů v celé budově Mateřské školy a zmodernizovány umývárny dětí.
Na obou školních zahradách v roce 2015 byly vytvořeny za finanční podpory operačního programu životního prostředí přírodní zahrady, které děti využívají k seznamování se s přírodou.
Obě mateřské školy mají na školních zahradách vybudováno multifunkční hřiště, která jsou využívána k sportovním aktivitám, hrám nebo vzdělávacím činnostem.
V létě 2018 bylo kolem zahrady mateřské školy Zahradní vyměněno oplocení.
V ledech 2021 a 2022 došlo na obou školních zahradách k výměmě hracích prvků, v roce 2023 v MŠ Zahradní k výměně elektroinstalace.
Z důvodu zatékání byla v červenci 2024 opravena střecha a vyměněna střešní krytina.